Наличието на високи концентрации на амоняк в промишлените птицеферми продължително време се отразява неблагоприятно на здравословния статус и на производителността на поголовието. Проучванията показват, че излаганите на високи концентрации на амоняк птици дори за кратко време може да причини много промени на молекулно ниво. Прекомерно високата концентрация на амоняк във въздуха за дълго време води до влошаване на общото състояние на птицата.
Амонякът е силен окисляващ стресов фактор, който причинява възпаление.
С експерименти е установено, че високите концентрации на амоняк могат да променят нормалната функция на органите на животните, да нарушат енергийния им метаболизъм, да причинят т. нар. клетъчно самоубийство и да повредят митохондриите в клетките на стомашно-чревната лигавица.
Високите концентрации на амоняк се отразяват негативно върху развитието на имунната система на птицата, както и на чревната  им лигавица.
Съгласно Директива 2007/43 / ЕО на Съвета концентрацията на амоняк в производствения цикъл в птицефермите не трябва да надвишава 20 мг/л за период от 8 часа или 35 мг/ л за всеки период от 10 минути.