Обеззаразяването на почвата и торовопочвената смес може да стане чрез различни на физични и химични методи.

. Термичното обеззаразяване е физичен метод, при който почвата се третира с прегрята пара под полиетиленово покритие. При температура 50 градуса се унищожават нематодите, между 60-72 градуса - голяма част от фитопатогенните гъби и бактерии, а над 82 градуса - семената на плевелите губят кълняемостта си.

. Соларизацията е екологичен, лесен и сравнително евтин начин за обеззаразяване на почвата. При него се използва топлината от слънчевата енергия през най-топлите летни месеци. За да се осигури добра топлопроводимост по време на соларизацията, почвената смес трябва да бъде добре навлажнена (съдържанието на влага в сместа трябва да бъде 70-75% от пределна полска влагоемност ) и плътно покрита с фолио.

. В практиката за обеззаразяване на почвата се използват различни пестициди: фунгициди - фузаклин, дитан М-45, фунгуран, нематоциди - биоакт ВГ, инсектициди - видейт, мокап и др.