Според световната класация на университетите на Times Higher Eduction (THE) Университетът във Вагенинген (WUR - Wageningen University & Research) е най-добрият нидерландски университет. Той е най-добрият нидерландски университет за четвърта поредна година.

В престижната международна класация Университетът Вагенинген е класиран на 59-о място.

Класацията на Times Higher Education World Universities Ranking се счита за водеща и включва над 1500 университета от цял свят. Js класира световноизвестните университети в пет категории, всяка от които има различна тежест в общия брой: образование (30%), научни изследвания (30%), цитиране (30%), международни измерения (7,5%) и приходи от индустрията (2,5%).

Университетът Вагенинген е фокусиран върху сферите здравословна храна и околна среда. Работи заедно с правителства и бизнеса, за да изгради здрави връзки в тези сфери и да предлага възможно най-новата информация в обучението на студентите си.

Важни теми, които засяга обучението в университета, са: климатичните промени, здравословният начин на живот, съхраняването на природата, опазване тана животинските и растителни видове.

Университетът Вагенинген е изборът и на много български студенти.
Освен с него (59), Нидерландия е представена в топ 100 от Амстердамския университет (60), Университета в Утрехт (66), Университета в Делфт (70), Университета в Гронинген (75), Университета в Лайден (77) и Университета "Еразъм" в Ротердам (80).