Рискът от разпространение на термоустойчиви бактерии се увеличава с настъпването на есенните месеци във ферми, където условията не са толкова благоприятни за хигиената на кравите. Ако кравите навлизат в замърсени пасища, нивото на термоустойчиви бактерии може да се повиши.

Фермерите могат да предприемат следните стъпки за контрол на нивата на тези бактерии в стопанството. Основно правило е, да се поддържа чиста средата на кравите, особено дворовете и пътищата. Сменяйте маркучите за доене и гумените инструменти за работа в доилното помещение, преди нивото на тяхната хигиена да се влоши.

Редовно, поне веднъж седмично, отстранявайте котления камък от доилната машина. Проверявайте чистотата на доилната машина и резервоара за мляко, като се уверите, че няма видими замърсявания. При последно изплакване дезинфекцирайте доилната машина с парацетна киселина. Уверете се, че използвате чист филтър при измиване. Също така, уверете се, че топлата вода е с достатъчно висока температура от 75-80°C.

Множество проблеми с високия общ брой термоустойчиви бактерии често са причинени от недостатъчни нива на препарата, използван за измиване. Това е вероятно да се случи, когато автоматичните системи за измиване не са били проверявани известно време, което води до отклонения в нивата на препарата.