Договорените средства по ПРСР до септември са 57% (3,7 млрд. лв.), а изплатените средства са 33% (2,1 млрд. лв.). По оси 1, 3 и 4 средното ниво на договаряне е 74%, а по ос 2 е 18%.  Минимум 25% от средствата задължително трябва да бъдат заделени именно за усвояване по мерките от втора ос. В България съществува проблем по ос 2, защото липсват достатъчно бенефициенти.

Всички допустими заявления за подпомагане по оста до сега са подпомогнати. Късното стартиране на програмата и забавянето в разглеждането на проектите през 2008 г. и 2009 г. води до риск от отчисление на средства, тъй като ЕК следи усвояването на ниво програма, а не по оси или конкретни мерки.

Мерки за повишаване на усвояемостта на средствата по втора ос на ПРСР се предприемат още от 2010 г. Те включват постоянни информационни кампании, стартиране на мярка ДНатураФ, навременно изплащане на оторизираните суми, оптимизиране на администрирането на заявленията за подпомагане, обратна връзка с всеки заинтересован бенефициент и увеличение на нивата на плащане по мярка 211, мярка 212, мярка 214 през кампания 2011 (за първи път от стартиране на мерките нивата на плащане се увеличени до 50%, като МЗХ работи по тяхното допълнително увеличение за кампания 2013).